Academia de Fotbal Dunărea 1948 este continuatoarea tradiției fotbalistice din Giurgiu, cu origini în 1948, când a fost înființată echipa Dunărea Giurgiu. Deși orașul fusese reprezentat anterior de alte formații, precum Danubiana, Flacăra Roșie sau Olimpia, Dunărea a intrat în atenția fotbalului românesc. În vara anului 1968, echipa a promovat pentru prima oară în Divizia B (actuala Liga a II-a), după un meci memorabil cu Viitorul Fieni, câștigat cu scorul de 7-1. În sezonul 2004–2005, Dunărea Giurgiu a obținut o nouă promovare în Divizia B, cu un parcurs impresionant: 23 de victorii, trei egaluri și nicio înfrângere, marcând 64 de goluri și primind doar 15.
Un moment dificil a avut loc în 2010, când clubul a fost preluat și reorganizat ca echipă-satelit sub numele Astra II, iar în 2012 a fost desființat din cauza problemelor financiare. Fotbalul la nivel local a renăscut rapid: în 2013, clubul a fost reînființat ca CSM Dunărea Giurgiu, preluând palmaresul și continuând tradiția locală. În 2020, clubul a trecut printr-un proces de reorganizare administrativă și sportivă, adoptând denumirea SCM Dunărea 2020 Giurgiu. Această schimbare a marcat începutul unei etape noi, cu obiectivul clar de a reveni în eșaloanele superioare ale fotbalului românesc. În sezonul 2021–2022, echipa a excelat în Liga a IV-a Giurgiu, dominând campionatul pe teren propriu și beneficiind de sprijin din partea administrației locale. Urcarea spre Liga a III-a a fost confirmată după ce a câștigat play-off-ul județean și a ajuns la barajul de promovare la începutul verii 2023. În iunie 2023, Academia de Fotbal Dunărea 1948 a promovat în Liga a III-a, revenind astfel în eșalonul terț după aproape două decenii.
În sezonul 2024–2025, echipa a încheiat campionatul pe locul 9 în Seria IV a Ligii a III-a și a retrogradat înapoi în Liga a IV-a. Cu toate acestea, Dunărea a mai primit o șansă și a ocupat unul dintre locurile vacante din Liga a III-a. Începând din acest an, echipa și-a schimbat numele în Academia de Fotbal Dunărea 1948, având aceleași obiective bine stabilite cu accent de progres și dezvoltare.